Chania har én mindre, moderne terminal, som er svært enkel å navigere i. Avstandene til flyene er korte, men forvent større folkemengder i sommersesongen på et relativt lite område.

Se hoteller i Chania

Innsjekking for flyreiser inn og ut av Schengen-området skjer i en felles lobby. Innsjekkingen foregår etter den felles sikkerhetskontrollen, med noen gater etter passkontrollen, mens andre ikke er det.

Avgangs- og ankomsthallene ligger i første etasje.

Flyplassen stenger mellom siste og første ankomst, og åpningstidene er vanligvis fra kl. 16.00 til kl. 0.00.