Flyplassen, som offisielt er oppkalt etter Nikos Kazantzakis, er den største på Kreta. I sommersesongen håndterer den mange charterfly; resten av året betjenes den hovedsakelig av flyvninger fra Athen og andre greske byer.

Ved første øyekast ser Heraklion lufthavn ganske gammeldags ut, og fasilitetene er ikke lenger egnet for moderne drift.

I 2017 ble det endelig besluttet å bygge en ny, moderne flyplass; ferdigstillelsesdatoen har blitt utsatt gjentatte ganger, og den forventes for tiden å åpne ved årsskiftet mellom 2026 og 2027.

For reiser til det vestlige Kreta er Chania lufthavn et godt alternativ.

Fra april til oktober betjener flyplassen mange flyselskaper fra hele Europa, med både rute- og charterfly til alle hjørner av kontinentet.

Det mest omfattende rutenettverket fra Heraklion drives av følgende flyselskaper:

• Aegean Airlines: helårsforbindelser flere ganger om dagen til Athen + sesongbaserte direkteflyvninger til hele Europa om sommeren
• Sky Express: helårsforbindelser til Athen, Thessaloniki og andre greske øyer + sesongbaserte direkteflyvninger til hele Europa om sommeren
• Jet2.com: de hyppigste flyvningene til mange britiske byer
• Eurowings: flyvninger til mange tyske byer
• Volotea: direkteflyvninger til Athen, Italia og Frankrike
• TUI: omfattende forbindelser til Storbritannia, Nederland, Belgia og Tyskland
• easyJet: flyreiser til flere britiske byer, Frankrike og Sveits
• Wizz Air: regelmessige flyvninger til Øst-Europa
• Ryanair: et relativt begrenset antall flyvninger sammenlignet med andre, f.eks. til Bergamo, Wien, Berlin eller Brussel